如果遵医嘱长期服用氟伐他汀钠胶囊，并不会对身体造成太大的伤害。但如果用药不当，则可能会出现肌肉、肝脏等器官的损伤。

1.食欲不振：由于该药物具有一定的刺激性，部分患者在用药后可能会导致胃肠道受到刺激，从而引起恶心、呕吐等症状发生。此时建议可以在医生指导下更换其他药物进行治疗，例如匹伐他汀钙片、辛伐他汀分散片等。

2.血糖升高：由于该药能够抑制胆固醇合成，若患者长期大量服药则会导致机体内的胆固醇水平下降过快，从而使胰岛素分泌受到影响，进而诱发血糖升高的情况发生。因此对于患有糖尿病的人群来讲要谨慎用药，必要时可遵医嘱选择格列美脲片、瑞格列奈片等降糖药物进行治疗。

3.肝功能异常：此外，由于该药需要通过肝脏代谢，所以长时间服用还可能会影响肝脏正常运转，甚至会增加罹患脂肪肝、酒精肝等疾病的风险。因此，在用药期间应定期前往医院复查肝肾功能，若发现指标异常还需及时调整治疗方案。

4.骨骼肌溶解症：若患者擅自加量或超剂量用药，则有可能会对肌肉组织产生较强的刺激，从而引发一系列不适症状，比如肌肉无力、全身酸痛等。若病情较为严重者应及时就医，配合医生注射醋酸曲拉普酶进行溶栓治疗。

5.其他不良反应：少数患者还会伴随头晕、头痛、失眠、腹泻以及腹胀等情况发生，若症状无法得到有效缓解，则需要立即停药并到医院就诊。

需要注意的是，上述所有内容仅供参考，具体情况还需要以医嘱为准，同时还要严格遵循医嘱按时按量服用药物，避免自行盲目增减药量或者漏服、漏治等。若期间出现明显不适，还需及早就诊处理。