如果遵医嘱使用清肺止咳丸，并且在用药过程中没有出现不良反应，则长期服用一般不会对身体造成严重的损伤。但如果患者未按照医生指导进行服药或者存在其他特殊情况时，则可能会产生较为严重的后果。

清肺止嗽丸是一种中成药制剂，主要成分有黄芩、前胡、葶苈子等中药材，具有清热解毒以及止咳化痰的功效，在临床上主要用于治疗因风热之邪所引起的咳嗽、咽喉肿痛等症状。若患者在用药期间严格遵循医嘱按时按量服用药物后，并没有出现任何不适症状，通常情况下是不会对身体健康造成影响的。

但是如果患者私自增加药量或者延长用药时间，就有可能会对胃肠道造成刺激，从而引起腹胀、腹泻等情况发生。另外，由于该药物属于偏凉性的药材，长期大量服用也可能会影响脾胃功能，导致患者出现食欲不振、恶心呕吐、大便溏泄等不适现象。因此建议患者需要严格按照医嘱执行，不可以擅自更改药量或延长用药时间。

除此之外，对于孕妇要禁止服用此药物，因为其性凉，容易伤及胎元，不利于胎儿发育。同时阴虚火旺者也不可服用，以免加重病情。若服药两周以上症状无缓解，应及时去医院就诊。