小檗碱甲氧苄啶胶囊的副作用主要包括胃肠道反应、血液系统异常以及肝肾功能损害等。

一、胃肠道反应

1.恶心：服用该药物后，可能会出现轻度恶心的症状。如果症状比较轻微，一般不需要特殊治疗，通常在停药以后会逐渐缓解。但如果症状持续存在，则需要及时就医进行治疗。

2.呕吐：部分患者还可能会出现呕吐的情况，可能还会伴有食欲不振等症状。可以遵医嘱使用多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利分散片等药物进行治疗。

3.腹泻：由于该药物具有一定的刺激性，所以用药期间也有可能会出现腹泻的现象。此时可以通过多喝水的方式进行改善，也可以适当吃新鲜的水果和蔬菜进行处理。

二、血液系统异常

若长期大量服用此药物，还有可能会导致血红蛋白尿或高铁血红蛋白症等情况发生。因此要严格遵医嘱按时按量服用，避免自行盲目增减药量。

三、肝肾功能损害

由于该药物主要通过肝脏代谢，而肾脏则起到排泄的作用，所以在一定程度上也会加重肝肾负担，甚至引起肝肾损伤。此时可以在医生指导下更换其他药物进行治疗，比如盐酸左氧氟沙星胶囊、阿奇霉素胶囊等。

除此之外，还有可能导致过敏反应、神经系统异常等不良反应。建议患者严格遵循医嘱用药，并注意观察身体变化情况。