磷酸氯喹片在临床中主要用于治疗疟疾，在发作的急性期开始服用比较好。另外对于某些疾病也有一定的辅助作用，如类风湿关节炎、红斑狼疮等免疫系统疾病的辅助治疗。

磷酸氯喹片的主要成份为磷酸氯喹，属于抗疟药的一种，具有广谱的抗微生物活性和免疫调节功能，对疟原虫红细胞发育停滞亦有一定作用。因此临床上主要用来治疗疟疾，尤其是对抗氯喹无效或不能耐受者更为适用，一般建议在感染后1-2天内开始用药，以缩短病程及防止传播。

此外，由于该药物还具有一定抑制T淋巴细胞活化以及促进其凋亡的作用，并可提高巨噬细胞吞噬靶细胞的功能，故可用于自身免疫性疾病的防治，比如可以用于类风湿关节炎、红斑狼疮、硬皮病、干燥综合征等多种疾病的辅助治疗。

需要注意的是，孕妇及哺乳期妇女禁用此药，儿童应在成人监护下使用。如果患者患有癫痫以及其他各种严重的神经肌肉疾病时要慎用，对该药过敏的人群也要避免应用。此外，部分人应用该药之后可能会出现一些不良反应，比如恶心呕吐、腹痛腹泻、头晕头痛、胸闷气短等症状，若症状较轻无需特殊处理，但如果症状严重，则需及时就医进行处理。