注射用盐酸阿糖胞苷有较多的副作用，常见的不良反应包括骨髓抑制、胃肠道反应以及周围性神经病变等。此外，还可能会引起脱发、发热、白细胞减少、血小板减少等现象。

1.骨髓抑制：为剂量限制性的毒性作用，可表现为全血细胞减少，以中性粒细胞为主。用药期间需监测外周血常规，出现严重骨髓抑制时应立即停药，并进行对症支持治疗，如输注红细胞或血小板等。

2.胃肠道反应：常见恶心、呕吐、腹泻等不适症状，通常在使用前给予止吐药和抗生素预防感染，若仍不能耐受则需要遵医嘱调整药物剂量。

3.周围性神经病变：长期应用本品可能导致患者出现感觉异常、手套和袜套样分布的针刺感和灼痛，以及踝关节以下无力、肌肉萎缩等症状。此时可在医生指导下服用维生素B1片、甲钴胺胶囊等营养神经类药物改善。

4.其他：部分人群在使用注射用盐酸阿糖胞苷后还可诱发过敏反应，比如局部瘙痒、荨麻疹、血管神经性水肿等，甚至还会累及呼吸道、皮肤黏膜等部位，从而引发呼吸困难、支气管痉挛、喉头水肿等情况发生。一旦发现应及时停止给药并就医处理。

另外，还有可能出现肝肾功能损伤、胰腺炎、癫痫发作、高尿酸血症、继发肿瘤等不良反应，建议严格遵循医生指导掌握好适应证后再行用药。