若遵医嘱规范使用连翘败毒丸，一般不会有明显的副作用。但长期或大剂量服用此药物，则可能会出现恶心、呕吐等胃肠道反应，以及过敏反应等情况。

1.胃肠道反应：如恶心、呕吐、腹胀等症状，主要是由于连翘败毒丸中的苦参、蒲公英、金银花等成份，具有一定的刺激性，对胃肠黏膜产生影响所致。因此建议在用药期间，需要保持饮食清淡，并且饭后服用，以减少不良反应的发生概率。

2.过敏反应：如果患者属于易过敏体质，在吃连翘败毒丸时就有可能会出现过敏的情况，比如皮肤瘙痒、红疹、荨麻疹等。此时应立即停药，并及时到医院就诊处理。

3.其他情况：此外，孕妇及阴虚火旺者慎服该药，以免加重病情。另外，儿童应在成人监护下使用，避免发生呛咳而引起吸入性肺炎。若正在服用其他药品，在服用连翘败毒丸前请咨询医师或药师，不可随意自行加减药量或延长疗程，以免导致严重的后果。

虽然连翘败毒丸的治疗效果较好，但是不建议患者长期应用，因为长时间服用可能会使身体对药物产生依赖性，而且还有可能会影响疾病的恢复。所以当患者连续用药两周后症状没有得到缓解，就需要去医院就诊。