消肿止痛酊不建议长期使用的理由是可能会产生耐药性、影响药物效果等。具体如下：一、产生耐药性

如果患者经常使用消肿止痛酊进行治疗疾病，则会导致细菌或者病毒对药物的敏感度降低，甚至出现对抗生素或者抗病毒药物无效的情况。

二、影响药物效果

1.破坏菌体细胞膜：如果患者长时间应用消肿止痛酊进行治疗，由于药物中的酒精成分具有一定的刺激性，在一定程度上可以破坏细菌的细胞壁，使其内容物渗入到菌体之外，从而起到杀菌作用。

2.干扰蛋白质合成：当病原体的蛋白质形成变质后，会与抗生素发生反应，进而抑制其生长和繁殖，并最终导致死亡。

3.改变正常菌群：若患者长期应用该药物进行治疗，则会影响体内正常的菌群，使其他有益菌被抑制或杀灭，而条件致病菌则趁机大量繁殖引起感染。

4.免疫抑制：在长期用药的情况下，容易造成机体免疫力下降，此时细菌或者病毒就可能再次入侵人体而导致病情复发。

综上所述，虽然消肿止痛酊的功效较多，但是并不建议患者长期使用，以免给身体带来不必要的损伤。另外，对于正在服用其他药物的患者要提前咨询医生，以防出现不良反应。此外，孕妇以及哺乳期妇女也要禁止使用，因为其中含有酒精成分，会对胎儿或者婴儿产生不利的影响。