如果需要应用转移因子胶囊治疗疾病或调节免疫功能，在症状得到控制后可以停药。不建议长期服用的原因是药物都有一定的副作用，可能会对身体造成不良影响。

1.增加胃肠道负担：转移因子胶囊是一种保健品，不是药品，不能代替药物治疗疾病，也不能增强免疫力。只是通过提高机体的细胞免疫和体液免疫能力来达到预防疾病的目的，并不能用于治疗疾病。由于该药物属于一种保健食品，因此不可以长期服用，以免加重胃肠道负担，出现恶心、呕吐等消化道不适症状。

2.降低疗效：若患者存在某种慢性疾病，如恶性肿瘤等，可能需要长时间服用转移因子胶囊以维持病情稳定。但如果在服药期间没有遵循医生的指导擅自延长用药时间，则可能导致病原微生物产生耐药性，从而降低药物的疗效。

3.诱发其他不良反应：部分人群在长期服用转移因子胶囊时，还可能出现一些不良反应，比如头痛、头晕以及腹部胀痛等症状。此时则需立即停止用药，并及时到医院就诊处理。

4.导致营养不良：转移因子胶囊中含有人工牛黄、猪肠衣(干燥)等成分，而这些成分均具有一定刺激性，若长期大量摄入就容易引起腹痛、腹泻等情况发生。同时因其中含有蛋白质成分，长期服用可导致体内营养物质缺乏，进而出现消瘦、乏力、贫血等营养不良的情况。

综上所述，一般情况下不建议长期服用转移因子胶囊，若必须服用此药物进行疾病的辅助治疗或者调节免疫功能，则应在专业医师指导下按时按量服用，不可盲目自行增减药量或者延长用药时间。此外，对于孕妇及哺乳期妇女而言，应严格遵照医嘱谨慎用药，避免给自身健康带来不利影响。