临床上不建议患者长期服用头孢克肟胶囊的原因较多，主要包括药物的副作用、抗菌谱窄、耐药率上升以及与其他抗生素交叉耐药等。如果需要应用该药物进行治疗，则需在医生指导下合理用药。

1.药物的副作用：虽然头孢克肟胶囊属于第三代头孢菌素类抗生素，具有广谱的抗菌作用，可以用于敏感菌所引起的呼吸道感染、泌尿生殖系统感染及皮肤软组织感染等疾病的治疗。但部分人群在服药后可能会出现一些不良反应，如恶心、呕吐、腹泻等症状，而且还有可能导致白细胞减少、嗜酸性粒细胞增多等情况发生。因此，在病情允许的情况下，尽量不要长时间或大剂量地吃头孢克肟胶囊。

2.抗菌谱狭窄：头孢克肟胶囊对肺炎球菌、淋球菌、脑膜炎球菌、卡他莫拉菌、大肠埃希菌等革兰氏阳性菌和阴性菌均有效果，可用于支气管炎、中耳炎、鼻窦炎、膀胱炎、肾盂肾炎、前列腺炎等多种细菌感染性疾病。但由于其抗菌谱比较狭窄，仅对上述病原体较为敏感，若长期大量滥用此药则会导致其他病原微生物感染的情况发生。

3.耐药率上升：由于头孢克肟胶囊是通过抑制细菌细胞壁的合成而发挥杀菌作用，所以当细菌反复多次接触此类药物时可使其产生耐药性，从而导致疗效明显降低，并且还会增加二重感染的风险。

4.与其他抗生素交叉耐药：由于青霉素类、喹诺酮类、氨基糖苷类、四环素类等抗生素与头孢克肟胶囊的作用机制相似，所以在患病期间应避免同时联合使用多种抗生素，以免引起耐药情况的发生。

此外，若自身对该药物过敏也应禁用，否则可能会诱发皮疹、瘙痒等不适症状。另外，孕妇及哺乳期妇女应在专业医师的指导下规范用药。