消化酶和吗丁啉是两种不同的药物，但都可以治疗功能性消化不良，二者的区别在于药物成分、药理作用、适应证、不良反应及注意事项等方面。若需要服用消化酶和吗丁啉，建议在医生指导下进行选择，切勿盲目服用。

1、药物成分：消化酶的主要成分是胰蛋白酶原和胰淀粉酶，主要是从牛胰脏中提取而来，而吗丁啉主要成分是甲氧氯普胺、多潘立酮、枸橼酸莫沙必利等，主要是从小肠上段泌空肠上段口服胃内的胃蛋白酶，促进胃肠道蠕动，以帮助消化;

2、药理作用：消化酶可以水解食物中的蛋白质、脂肪、淀粉等成分，有助于消化、吸收。而吗丁啉主要是能够促进肠道蠕动，以加快胃排空，帮助消化;

3、适应证：消化酶可以用于治疗饮食不当或消化不良引起的腹胀、腹泻、腹痛等不适症状，而吗丁啉主要用于治疗胃排空迟缓引起的功能性消化不良，以及胃轻瘫等病理性因素引起的恶心、呕吐等不适;

4、不良反应：消化酶在服用后可能会出现恶心、呕吐、腹泻等肠胃道反应，部分人群可能对该药物过敏，还可能出现过敏性皮疹。而吗丁啉常见的不良反应主要包括口干、多汗、头痛、神经过敏、乳房增大、便秘等，虽然不良反应发生率较小，但也有一定的发生率;

5、注意事项：两种药物均为助消化药物，在服用时均需要注意药物的使用剂量与疗程。若长期大量服用，可能会造成胃肠道功能紊乱，引起腹泻、腹痛等不适。同时在使用时也需要注意药物的保质期，若药物已经过期则不建议服用。