通便灵胶囊会引起恶心呕吐、腹部绞痛、腹泻等胃肠道副作用，以及头痛头晕、心悸乏力等中枢神经系统副作用。
此药含有的番泻叶、决明子等中药药材具有较强的导泻作用，能增强小肠推进性蠕动，促进结肠蠕动，从而达到通便的效果，但同时也会刺激胃肠黏膜，引发恶心呕吐、腹部绞痛、腹泻等胃肠道副作用；而其中的枳实则会抑制胃液分泌，降低消化酶活性，影响食物的消化吸收，进一步加重上述不适症状。另外，番泻叶还能通过兴奋中枢神经，引起头痛头晕、心悸乏力等中枢神经系统副作用。
长期服用还可能导致电解质紊乱、营养不良等，因此不建议长时间连续使用。
在使用通便灵胶囊时需注意观察自身症状变化，并遵循医嘱调整用药方案。若出现严重不良反应或持续便秘等情况，则应立即停药并向医生咨询。
