头孢噻吩和头孢克肟均属于第三代头孢菌素，可以用于治疗革兰氏阳性菌引起的肺炎、支气管炎、中耳炎、咽炎、扁桃体炎等疾病。两者的区别主要在于药物成分不同、药理作用不同、不良反应不同、禁忌证和注意事项不同。

1、药物成分不同：头孢噻吩的主要成分是头孢噻吩钠，头孢克肟的主要成分是头孢克肟钠，两者药物成分不同;

2、药理作用不同：头孢噻吩钠对于金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、大肠杆菌等有较好的抗菌作用，可以通过抑制细菌细胞壁的合成，发挥杀菌作用。头孢克肟对于链球菌属、肺炎球菌、大肠杆菌等病原体具有较好的抗菌作用，可以通过抑制细菌细胞壁合成，从而发挥杀菌作用;

3、不良反应不同：头孢噻吩可能会引起患者出现皮疹、瘙痒、荨麻疹等过敏反应，还可能会引起胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹泻、食欲不振等不良反应。头孢克肟可引起患者出现胃肠道刺激症状，如腹痛、腹泻等不良反应，也可引起肝功能异常，导致转氨酶升高;

4、禁忌证和注意事项不同：头孢噻吩钠不能用于对头孢菌素类抗生素过敏的患者，肾功能障碍的患者慎用，孕妇和哺乳期的妇女慎用。头孢克肟无绝对禁忌证，但服用时应遵医嘱使用。如果服用头孢克肟期间饮酒，可能会发生双硫仑样反应，表现为面部潮红、头痛、眩晕、视物模糊、胸闷、气短等症状，严重时可发生休克，甚至导致死亡。因此服用头孢类抗生素期间，患者应避免饮酒。