本品适用于链球菌、肺炎球菌和金黄色葡萄球菌等敏感菌所引起的严重感染性疾病的治疗，也可用于青霉素过敏的或临床医师判定认为青霉素类药物不适用的感染性疾病的治疗。本品可能导致抗生素所致的伪膜性肠炎的危险，医师在选择本药时应当考虑感染的情况和是否有较低毒性药物适用的可能（如红霉素）。林可霉素不宜用于轻微的细菌感染，也不宜用于病毒感染。

本品可以单独用于经饮食和运动不能有效控制高血糖的2型糖尿病病人。也可用于使用二甲双胍不能有效控制高血糖的2型糖尿病病人，采用与二甲双胍联合应用，但不能替代二甲双胍。那格列奈不适用于对磺脲类降糖药治疗不理想的2型糖尿病病人。

用于各种类型甲状腺功能亢进症，包括毒性弥漫性甲状腺肿（Graves病）。在Graves病中尤其适用于：1病情较轻，甲状腺轻至中度肿大者；2儿童、青少年及老年患者；3甲状腺手术后复发，但又不适于放射性131I治疗者；4手术前准备；5作为131I放疗的辅助治疗