长期大量使用康乃馨抗菌剂可能会导致细菌耐药性的增加，不利于疾病的治疗与恢复。
康乃馨抗菌剂中的氯己定能够抑制多种细菌的生长繁殖，从而起到杀菌的作用。但是长期使用会导致细菌产生耐药性，使其对药物不敏感，进而降低药物的疗效。因此，如果需要长时间使用该产品，建议定期更换为其他类型的消毒剂，以防止细菌耐药性的发生。
若患者在使用康乃馨抗菌剂期间出现过敏反应或其他不良症状，则应立即停用，并及时就医诊治。
使用康乃馨抗菌剂时需注意个人皮肤是否对其有过敏反应，同时避免与其他含有酒精或刺激性成分的产品混合使用，以免引起不适。
