头孢噻吩钠和头孢噻呋钠同属于第三代头孢菌素，具有广谱抗菌的作用，对于革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌，以及部分厌氧菌具有较好的抗菌活性。但两种药物在排泄途径、用药周期、作用菌群等方面有所不同。

1、排泄途径：头孢噻吩钠主要经肾脏排泄，头孢噻呋钠可经胆汁、胃肠道、汗液等途径排泄;

2、用药周期：头孢噻吩钠的半衰期较长，而头孢噻呋钠半衰期较短，因此其用药周期通常较短。但由于头孢噻吩钠在体内分布广泛，血浆浓度较高，半衰期较短，因此药效维持时间较短，而头孢噻呋钠半衰期相对较长，药效维持时间较长;

3、作用菌群：头孢噻吩钠对革兰氏阳性菌的抗菌谱比头孢噻吩钠强，对革兰氏阴性菌的作用弱。但头孢噻呋钠对金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血性链球菌等革兰氏阳性菌的抗菌作用比头孢噻吩钠强;

4、副作用：头孢噻吩钠容易引起肾毒性反应，在使用过程中，如果出现少尿、蛋白尿、管型尿等症状时，需要立即停药。而头孢噻呋钠在使用过程中可出现恶心、纳差、腹泻等胃肠道反应，也可出现皮疹、瘙痒等过敏反应，因此在用药前需要询问医生是否有以上情况发生;

5、适用人群：头孢噻吩钠主要适用于敏感菌所致的呼吸道感染、泌尿道感染、败血症、脑膜炎、肺炎等疾病。头孢噻呋钠适用于敏感细菌所致的泌尿道感染、呼吸道感染、皮肤和软组织感染等疾病。

因此，在临床上两者各有特点，需要根据感染病原体的不同，选择合适的药物进行治疗。