临床主要用于口腔、胃肠道、阴道以及皮肤粘膜的念珠菌感染，常与广谱抗生素合用，以防止真菌引起二重感染。

用于治疗口、咽部、气管或支气管真菌感染。

用于深部真菌感染。如：1.隐球菌病：包括隐球菌脑膜炎及其它部位的感染（如肺、皮肤）。亦可预防性治疗正常宿主、艾滋病人、器官移植或其他原因而引起免疫抑制的感染。2.全身性念珠菌病：包括念珠菌败血症、播散性念珠菌病及其它非浅表性的念珠菌感染。这些感染包括腹膜、心内膜、肝部及尿路的感染。患有恶性肿瘤而需接受细胞毒性或免疫抑制治疗的病人，或有发生念珠感染倾向的病人，亦可用氟康唑治疗。

用于预防和治疗免疫抑制病人口腔和食管念珠菌感染，但由于本品口服吸收差，治疗深部真菌感染疗效差，不良反应又多见，现已很少应用，仅作局部用药。